1925年6月生于江苏省建湖县。幼承庭训，六岁入私塾，国学功底深厚，擅作旧体诗。1954年考入复旦大学英文系，毕业后先后执教于芜湖师范学院、合肥师范学院和安徽大学。1958年毕业于复旦大学外文系。1949年后历任中共苏南区党委农村工作团团员，中共无锡市委工作组成员，安徽省高校外语系教师，安徽大学大洋洲文学研究室主任，研究员。安徽省第六届政协委员。1943年开始发表作品。1984年加入中国作家协会。著有《中国翻译简史》、《汉籍外译史》、《皖诗玉屑》、《澳大利亚文学作品中译本书目》，译著《面包树》、《无期徒刑》（合译）《榕树叶子》（合译）、《兔子归来》（合译）、《芳丹马拉》等。《中国翻译简史》获1986年安徽省社会科学优秀成果二等奖。

马祖毅祖籍江苏省建湖县。祖上都是读书人，祖父马为瑗晚清时任州县官，叔祖曾留学日本早稻田大学。父马锡川（1901—1986），字鲁山，号小蘧，中学毕业后考入唐山交大（今西南交通大学），后来在建湖和东山当过语文和历史老师，著有诗集《鲁山遗草》。马祖毅是长房长孙，家里对教育格外重视。马祖毅教授上世纪80年代出版的《中国翻译简史——“五四”以前部分》开我国翻译史研究之先河，对翻译学发展影响深远。1996年离休后，马教授笔耕不辍，相继推出《汉籍外译史》《中国翻译史》（上卷）和五卷本《中国翻译通史》三部专著。其中，2006年出版的五卷本《中国翻译通史》，以四百万言系统梳理了中国三千年译史，清晰勾勒出中国翻译活动发展脉络，并将史上重要译家及其翻译理论进行整理评析，为中国翻译史研究做出巨大贡献，对翻译学科发展具有重要指导意义。